มิยาโนะ ชิโฮะ นักวิทยาศาสตร์และสมาชิกขององค์กรชุดดำที่มีโค้ดเนมว่า เชอร์รี่ เข้าร่วมการทดลองทางวิทยาศาสตร์ที่พัฒนายาพิษ APTX-4869 ยาพิษที่ทำให้ คุโด้ ชินอิจิ กลายเป็นเด็กอายุ 7 ขวบ แต่เมื่อเชอร์รี่รู้ว่าองค์กรชุดดำได้สังหาร มิยาโนะ อาเคมิ พี่สาวของเธอ เธอจึงทรยศต่อองค์กรและ กินยา APTX-4869 และได้กลายเป็นเด็ก
ภาพยนตร์เรื่องนี้ยังเผยให้เห็นอดีตของ ไฮบาระ ไอ ในฐานะสมาชิกองค์กรชุดดำ ไฮบาระ ไอ ได้เรียนรู้ถึงความจริงอันดำมืดขององค์กรชุดดำ เธอจึงตัดสินใจหนีออกมาเพื่อเริ่มต้นชีวิตใหม่
ดูอนิเมะออนไลน์ Detective Conan: Episode of Ai Haibara – Black Iron Mystery Train (2023) ยอดนักสืบจิ๋วโคนัน จุดเริ่มต้นของไฮบาระ ไอ : ปริศนารถด่วนทมิฬ ฟรี ชัดแบบ HD ที่นี่
